windiffについてとパッチ作成
http://support.microsoft.com/kb/159214/ja
DQCOOLの作者の作者がパッチ作るの悩んでたけど、
二つの違うフォルダーを比較し、
違ったファイルを違うフォルダーに吐き出してくれるソフトです。
WinMergeはそれの高機能版です。
http://www.geocities.co.jp/SiliconValley-SanJose/8165/winmerge.html
差分作成「udm差分ファイル作成ツール - Free Edition」
http://www.forest.impress.co.jp/article/2003/05/19/okiniiri.html
とかもあるので気に入ったソフト使ったらいいかも知れません。